Theo quy định tại điều 72 luật Quản lý thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp được hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

Trong khi đó, tại khoản 1 điều 76 luật Quản lý thuế quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế như sau: "Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, cục trưởng cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế".

Như vậy, khoản 1 điều 76 luật Quản lý thuế chỉ có quy định cục trưởng cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

Căn cứ Quyết định số 15/2021/QĐ-TTg sửa đổi, bổ sung khoản 1 điều 3 Quyết định số 41/2018/QĐ- TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế (Bộ Tài chính); Quyết định số 1968/QĐ-BTC quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Thuế doanh nghiệp lớn (Tổng cục Thuế) thì Cục Thuế doanh nghiệp lớn là cơ quan quản lý thuế trực tiếp đối với các doanh nghiệp được Bộ Tài chính phân công quản lý.

Do Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo pháp luật thuế nên một số tập đoàn, tổng công ty lớn mặc dù đã được Bộ Tài chính phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý nhưng khi phát sinh hoàn thuế giá trị gia tăng lại phải chuyển về cho các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.

Bộ Tài chính nhấn mạnh, quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế nêu trên chưa tạo thuận lợi cho người nộp thuế, dẫn đến việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm và tác động đến hoạt động hoàn thuế, người nộp thuế, các tổ chức, cá nhân có liên quan.

Đối với người nộp thuế do chi cục thuế trực tiếp quản lý, hồ sơ hoàn do chi cục thuế tiếp nhận nhưng chi cục trưởng chi cục thuế lại không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế.

Theo quy định tại điểm a khoản 2 điều 2 luật Quản lý thu, cơ quan thuế bao gồm Tổng cục Thuế, cục thuế, chi cục thuế, chi cục thuế khu vực.

Căn cứ quy định hiện hành, thực tế hiện nay, cục thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp hoàn thuế theo pháp luật thuế, trừ hoàn thuế dự án đầu tư, hoàn thuế khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động; đồng thời trừ cục thuế tỉnh, thành phố: Hà Nội, TP.HCM, Bình Dương, Đồng Nai.

Đây là các địa bàn có số lượng doanh nghiệp hoàn thuế lớn, cục thuế giao chi cục thuế tiếp nhận và giải quyết một phần công việc, sau đó chuyển toàn bộ hồ sơ cho cục thuế giải quyết và ban hành quyết định hoàn thuế theo thẩm quyền của luật Quản lý thuế, do chỉ có cục trưởng cục thuế mới có thẩm quyền quyết định hoàn thuế.

Bộ Tài chính nhấn mạnh, thực hiện quy định này dẫn đến phát sinh vướng mắc, bất cập trong quá trình thực hiện. Cụ thể, thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thường kéo dài và có sự đùn đẩy trách nhiệm giữa chi cục thuế và cục thuế.

Lý do, người nộp thuế không thuộc cục thuế quản lý nhưng cục trưởng cục thuế lại phải quyết định hoàn thuế. Từ đó, cục thuế phải yêu cầu chi cục thuế giải trình, cung cấp, làm rõ đầy đủ, thông tin, tài liệu nhằm tránh rủi ro cho công chức tại cục thuế.

Cùng một kết quả kiểm tra, 2 cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn

ẢNH: NGỌC THẮNG

Tuy nhiên, chi cục thuế chỉ có thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn nộp thừa, không có thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế đối với thuế GTGT chưa được khấu trừ hết.

Chi cục thuế phải chuyển cho cục thuế giải quyết và ban hành quyết định hoàn thuế theo thẩm quyền của luật Quản lý thuế. Từ đó, cùng một kết quả kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nhưng có 2 cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế. Bộ Tài chính nhìn nhận đây là bất cập, gây khó khăn và làm chậm trễ quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế.

Để thống nhất giữa điểm a khoản 2 điều 2 và khoản 1 điều 76 luật Quản lý thuế, giải quyết vướng mắc, bất cập trong thực tiễn công tác hoàn thuế, thúc đẩy tăng trưởng, ổn định kinh tế vĩ mô, cần thiết bổ sung quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế của Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn, chi cục trưởng chi cục thuế và chi cục trưởng chi cục thuế khu vực.

Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 điều 76 luật Quản lý thuế như sau: "Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, cục trưởng cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư, chi cục trưởng chi cục thuế, chi cục trưởng chi cục thuế khu vực quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế".