Liên danh Tư vấn TEDI-TRICC-TEDIS đề xuất 23 ga hành khách đi qua 20 tỉnh thành, mỗi tỉnh có một nhà ga hành khách. Riêng tỉnh Hà Tĩnh được bố trí hai ga là Hà Tĩnh và Vũng Áng; tỉnh Bình Định có hai ga Bồng Sơn và Diêu Trì; tỉnh Bình Thuận có hai ga Phan Rí, Mương Mán.

Trên tuyến có 5 ga hàng hóa là Ngọc Hồi, Vũng Áng, Chu Lai, Vân Phong, Trảng Bom để phục vụ vận chuyển hàng hóa khi có nhu cầu. Trong đó Ngọc Hồi và Vũng Áng vừa là ga hành khách vừa là ga hàng hóa. Do đó xét tổng thể toàn tuyến, số lượng ga là 26.

Dự án có điểm đầu tại ga Ngọc Hồi (phục vụ cả hành khách và hàng hóa) thuộc xã Liên Ninh và Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì, TP Hà Nội, trong đó tư vấn có xem xét phương án khai thác chạy tàu tới ga Hà Nội trên tuyến đường sắt đô thị số 1.

Ga Phủ Lý đặt tại xã Liêm Tuyền và xã Liêm Tiết, TP Phủ Lý, gần nút giao Liêm Tuyền, phía đông cao tốc Bắc Nam.

Ga Nam Định đặt tại xã Mỹ Hưng, huyện Mỹ Lộc, gần ga Đặng Xá của tuyến đường sắt hiện tại.

Ga Ninh Bình đặt tại xã Khánh Thượng, huyện Yên Mô, cách nút giao Mai Sơn khoảng một km về phía đông, cách trung tâm TP Ninh Bình và ga Ninh Bình tuyến đường sắt hiện tại 7,5 km về phía nam.

Ga Thanh Hóa đặt tại xã Đông Tân và Đông Lĩnh, phía tây TP Thanh Hóa.

Ga Vinh đặt tại xã Hưng Tây, huyện Hưng Nguyên, Nghệ An, trong phạm vi giữa đường bộ cao tốc và tuyến tránh TP Vinh hiện tại.

Ga Hà Tĩnh đặt tại xã Thạch Đài, huyện Thạch Hà, phía tây TP Hà Tĩnh, nằm trên trục đường Hàm Nghi nối vào trung tâm.

Tỉnh Hà Tĩnh còn có ga hành khách và hàng hóa Vũng Áng đặt tại xã Kỳ Hoa, huyện Kỳ Anh, gần tuyến tránh Kỳ Anh.

Ga Đồng Hới đặt tại xã Nghĩa Ninh, TP Đồng Hới, tỉnh Quảng Bình, cách trung tâm TP Đồng Hới khoảng 4,5 km về phía tây nam.

Ga Đông Hà nằm ở phường Đông Lương, TP Đông Hà, tỉnh Quảng Trị, phía tây TP Đông Hà.

Ga Huế đặt tại xã Phú Mỹ, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên Huế.

Ga Đà Nẵng đặt tại xã Hòa Sơn, huyện Hòa Vang, TP Đà Nẵng, khu vực phía Bắc nút giao giữa đường Bà Nà - Suối Mơ với đường bộ cao tốc Bắc Nam.

Tại Quảng Nam, ga Tam Kỳ đặt tại phường Trường Xuân, TP Tam Kỳ, gần tuyến tránh TP Tam Kỳ. Tỉnh này còn có ga hàng hóa Chu Lai tại khu vực giáp ranh xã Tam Hiệp và xã Tam Mỹ Tây, huyện Núi Thành. Nhà ga sẽ phục vụ kết nối với cảng hàng không Chu Lai, các cảng biển Kỳ Hà, Dung Quất.

Ga Quảng Ngãi đặt tại phường Quảng Phú, TP Quảng Ngãi và xã Nghĩa Kỳ, huyện Tư Nghĩa, nằm ở khu vực phía tây thành phố.

Tại Bình Định, ga Bồng Sơn, thuộc xã Hoài Tân và thị trấn Bồng Sơn, huyện Hoài Nhơn. Tỉnh này còn có ga Diêu Trì đặt tại xã Phước An, huyện Tuy Phước.

Tại Phú Yên, ga Tuy Hòa đặt tại xã Hòa Thành, thị xã Đông Hòa, cách sân bay khoảng 4,2 km về phía tây.

Tại tỉnh Khánh Hòa, ga Diên Khánh được đặt xã Diên Thạnh, huyện Diên Khánh gần quốc lộ 27C, cách trung tâm TP Nha Trang khoảng 11 km về phía tây. Tỉnh này còn có ga hàng hóa Vân Phong tại xã Ninh An, thị xã Ninh Hòa để đảm bảo đồng bộ, phù hợp định hướng phát triển của khu kinh tế Vân Phong.

Ga Tháp Chàm được bố trí tại phường Phước Mỹ, TP Phan Rang, tỉnh Ninh Thuận, gần vị trí giao quốc lộ 27.

Ga Phan Rí đặt tại xã Phan Hòa, huyện Bắc Bình, tỉnh Bình Thuận, cách trung tâm thị xã Phan Rí Cửa khoảng 5 km. Tỉnh này còn có ga Mương Mán, thuộc xã Mương Mán, huyện Hàm Thuận Nam, đặt cách ga Mương Mán hiện tại khoảng 0,4 km, cách trung tâm TP Phan Thiết khoảng 13,2 km.

Tỉnh Đồng Nai có ga hàng hóa Trảng Bom phục vụ trung chuyển hàng hóa. Ngoài ra, ga Long Thành đặt tại khu vực trung tâm sân bay thuộc xã Bình Sơn, huyện Long Thành.

Cuối tuyến là ga Thủ Thiêm nằm tại phường An Phú, TP Thủ Đức, TP HCM.

Theo đơn vị tư vấn, khoảng cách giữa các ga đảm bảo cự ly tối thiểu khoảng 30 km. Tùy theo biểu đồ chạy của từng tàu để bố trí việc dừng đỗ tại các ga, không phải tàu nào cũng dừng đỗ tất cả ga.

Vị trí hướng tuyến và nhà ga đường sắt tốc độ cao được nghiên cứu phù hợp với hiện trạng, quy hoạch phát triển của địa phương. Ga được đặt tại khu trung tâm kinh tế, chính trị của địa phương, tiếp cận trung tâm đô thị, khu vực quy hoạch có tiềm năng tạo ra không gian phát triển mới, khai thác nguồn lực quỹ đất.

Từ Hà Nội đến TP HCM, hiện có 19 đô thị có quy mô 500.000 dân trở lên, trong đó có 2 đô thị đặc biệt và 17 đô thị loại 1, bảo đảm khả năng kết nối tốt với hệ thống giao thông công cộng và khai thác có hiệu quả hạ tầng.

Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam được Bộ Giao thông Vận tải đề xuất có tổng mức đầu tư sơ bộ 67,34 tỷ USD, tuyến đường đôi, khổ 1.435 mm, điện khí hóa, tốc độ thiết kế 350 km/h, tải trọng 22,5 tấn/trục.