Trong buổi sáng, thí sinh làm bài thi Toán, Ngữ văn và Sinh học. Các môn Vật lý, Hóa học, Lịch sử, Địa lý và Tiếng Anh thí sinh thi vào buổi chiều. Môn Tiếng Anh và Hóa học thời gian làm bài 120 phút, các môn còn lại thời gian làm bài 150 phút. Thí sinh thi các môn theo hình thức tự luận, riêng môn Tiếng Anh thi trắc nghiệm kết hợp tự luận. Năm học 2024 - 2025, Trường THPT chuyên Nguyễn Trãi tuyển sinh 12 lớp 10 với 384 học sinh, giảm 10 chỉ tiêu so với năm học trước. Trường không còn tổ chức lớp không chuyên, thay vào đó thêm một lớp chuyên Toán. Các thi sinh đoạt giải trong các kỳ thi chọn học sinh giỏi cấp tỉnh các môn văn hóa lớp 9 không còn được cộng điểm khuyến khích như những năm học trước.