Theo thống kê của Chi cục Thủy lợi, hiện toàn tỉnh có gần 700 tổ chức, cả nhân xả nước thải ra công trình thủy lợi. Tuy nhiên, trong số này chỉ có 195 trường hợp được cấp phép xả thải và 63 hộ gia đình không phải xin cấp phép xả thài, số còn lại là 436 trường hợp là các tổ chức, cá nhân xả thài trực tiếp nước thải ra hệ thống công trình thủy lợi chưa được cấp phép. Các nguồn xả nước thải vào hệ thống công trình thủy lợi chủ yếu là: nước thải khu vực dân sinh, làng nghề, cơ sở sản xuất nhỏ, nước thải chăn nuôi, giết mổ gia súc, gia cầm và nước thải sinh hoạt. Việc xả thải, chất thải chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn và hệ thống công trình thủy lợi đang ảnh hưởng không nhỏ tới chất lượng nguồn nước cấp cho sản xuất nông nghiệp. Không những thế còn làm giảm tuổi thọ công trình thủy lợi và ảnh hưởng tới sức khỏe của người dân, giảm năng suất cây trồng, gây ô nhiễm nguồn nước ngầm...