Theo đánh giá của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các chương trình liên kết đã góp phần thúc đẩy sản xuất phát triển theo hướng hàng hóa tập trung theo quy mô lớn và thúc đẩy ứng dụng cơ giới hóa, đưa các giống mới có năng suất chất lượng vào sản xuất, hạn chế tình trạng được mùa mất giá. Từ đó, góp phần nâng cao giá trị sản xuất nông nghiệp, phát triển công nghiệp chế biến nông sản gắn với xây dựng thương hiệu hàng hóa. Mặc dù đã có kết quả tích cực, nhưng việc hỗ trợ mới tập trung vào tư vấn, xây dựng kế hoạch liên kết và hỗ trợ giống, vật tư, bao bì, nhãn mác… Việc hỗ trợ cơ sở hạ tầng, mô hình khuyến nông, chuyển giao khoa học kỹ thuật… vẫn chưa được triển khai. Một số doanh nghiệp, hợp tác xã vẫn còn lúng túng trong triển khai chương trình liên kết, đa số việc tổ chức tiêu thụ sản phẩm thông qua hợp đồng liên kết còn mang tính hình thức.