Bên cạnh đó, nội hàm quy hoạch tổng thể quốc gia chưa rõ ràng, nhiều nội dung quy định chưa cụ thể nên còn ý kiến khác nhau về nội dung, mức độ thể hiện của quy hoạch tổng thể quốc gia, mức độ thể hiện chi tiết của các dự án đầu tư dẫn đến lúng túng, vướng mắc trong triển khai. Mặt khác, khái niệm “tích hợp quy hoạch” cũng chưa rõ ràng về nội hàm và chưa được quy định cụ thể trong quy trình lập quy hoạch cấp quốc gia, quy hoạch vùng và quy hoạch tỉnh nên khó triển khai trong thực tiễn. Các quy định về quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành cũng chưa đồng bộ, thống nhất dẫn đến khó khăn trong triển khai quy hoạch nông thôn, quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành. Danh mục quy hoạch cũng chưa phù hợp với phạm vi quản lý của các bộ, ngành...
Như nhận định của Đoàn giám sát thì những tồn tại, hạn chế nêu trên do nhiều nguyên nhân nhưng nguyên nhân chủ quan là chủ yếu. Và để tháo gỡ các khó khăn này, Đoàn giám sát kiến nghị cho phép Chính phủ và các cơ quan liên quan được thực hiện các nội dung Luật Quy hoạch và các luật hiện hành chưa quy định hoặc đã quy định nhưng bất cập, vướng mắc thì được thực hiện khác với các luật để đẩy nhanh tiến độ lập, phê duyệt các quy hoạch cho đến khi Luật Quy hoạch được sửa đổi và có hiệu lực thi hành.
Về trung, dài hạn, Chính phủ cần tổng kết, đánh giá toàn diện việc thực hiện Luật Quy hoạch và các luật, văn bản quy phạm pháp luật có liên quan đến quy hoạch để kiến nghị sửa đổi, bổ sung Luật Quy hoạch, các luật có liên quan đến quy hoạch nhằm đáp ứng yêu cầu quản lý nhà nước về công tác quy hoạch, bảo đảm đồng bộ, thống nhất của hệ thống pháp luật.
Quy hoạch là căn cứ quan trọng trong triển khai phát triển kinh tế - xã hội của từng địa phương, từng ngành cũng như của quốc gia. Không có quy hoạch sẽ rất khó thu hút đầu tư, huy động nguồn lực một cách bài bản, hiệu quả, không tạo được môi trường thuận lợi cho đầu tư phát triển kinh tế - xã hội, không khai thác được tối đa tiềm năng, lợi thế và cơ hội của đất nước cho nên, những khó khăn, vướng mắc đã được nhận diện và chỉ rõ cần sớm được khắc phục.